Leider gibt es auch einige Nachteile, die beim Kauf eines Nachfüllsets auftreten. Die Garantie des Drucker Herstellers erlischt, da die Tinte der Fremdfirmen eine andere Rezeptur hat, als die der Originaltinte.
Meist leidet darunter oft auch die Druckqualität. Auch kann sich das Befüllen der alten Patrone schwieriger gestalten, als in der Anleitung beschrieben. Sollten Sie einen Drucker mit fest eingebautem Druckkopf besitzen, sollten Sie vorsichtig sein. Sollte der Druckkopf verstopfen, kommt es zu einem teuren Reparaturfall.
Darum sollten Drucker mit separaten Tintenpatronen nicht mit Billigpatronen bestückt werden, da die Originalen meist so komplex ausgestattet sind, daß man sich das Nachfüllen sparen kann. Teilweise werden die Drucker vom Hersteller mit Chips ausgestattet, was eine Nutzung von Billigpatronen nicht möglich macht, da der Drucker dies dann nicht erkennt und akzeptiert.